免验单欧易 在 CNS 发表单细胞文章的“潜”规则你知道哪些?

 网络   2022-10-05 14:05   60

高通量单细胞本领确实是一个拥有划时期意思的本领。运用该本领,寰球的科研人员从「异质性」的角度正在分歧争论范畴施行深切开采,取得漫溢令人高兴的新发明。对于高通量单细胞本领的发文状况,大抵也许划分为两个阶段:

2015~2017 年时期,是高通量单细胞发文的「黄金期」。此时,因为高通量单细胞本领尚未全面幼稚,本领繁复水准较高,仅掌握正在全体顶尖测验室,该阶段的争论主假如构建分歧构造的单细胞图谱框架,且大多宣布于 CNS 系列期刊,实在令人「眼红」。

自 2018 年起,10x Genomics 以及 BD 等公司的幼稚化束缚规划乐成冲破本领壁垒,高通量单细胞本领这个「旧时堂前燕」结束「飞入」越来越多的测验室中。从此,高通量单细胞本领的利用遍及水准大幅选拔,运用相干本领的争论论文宣布也投入井喷期。

10x Genomics 发文统计

随着高通量单细胞相干文章宣布数想法推广,那个「仅经过一两个样本,简捷构建某个构造细胞图谱就能发高分文章」的本领赢余时期,一经一去没有复返了。这一点,想必诸君深有贯通。

接下来,咱们来清点一下,那些正在「单细胞发文井喷」时期(2018 年~今),仍然恐怕正在 CNS 顶级期刊上宣布的高通量单细胞文章的三大特征:

01

大样本量系统性构建精巧化细胞图谱

2021 年,Cell 上宣布了题为「A Pan-Cancer Single-Cell Transcriptional Atlas of Tumor Infiltrating Myeloid Cells」的争论论文。

该争论正在单细胞水平对于210 个病人、15 个癌种内肿瘤浸润髓系细胞施行了系统性的刻划,较为了瘦小细胞、树突状细胞和肿瘤相干巨噬细胞正在分歧癌种内的个性,为靶向分歧癌种内髓系细胞的免疫调节供给了主要按照。

02

寻常样本的代表性争论

2020 年,Cell首次报道非人灵长类器官脆弱的高精度单细胞转录组图谱争论,露出了细胞类别尤其性的氧化恢复调控的失稳是席卷人类正在内的灵长类卵巢脆弱的共性分子体制。

03

远大攻破 + 矜重验证

2019 年,Cell 上宣布的一篇争论论文露出了溃疡性结肠炎(UC)的耐药体制。争论人员发明正在 UC 患者中,肿瘤坏去世因子(TNF)蛋白水平较高,抗 TNF 药物可加重炎症并治愈许多患者的构造。

争论人员进一步运用 RNAscope 原位杂交贯串免疫荧光验证从空间定位上呈现了单细胞测序的主要发明,比如下图为运用 RNAscope 原位杂交本领检测了强健构造与炎症构造中的炎症相干成纤维细胞的性格基因表达。

科研人员大多指望恐怕正在 CNS 上宣布自身的争论了局,不过想要走「大样本量构建精巧化细胞图谱」的路子没有太实际,「大样本」所须要的经费没有是一切人也许蒙受的;而「寻常样本」的规划属于可遇弗成求,迷信争论没有是一旦一夕的办事,并非拘束换个模子就能有攻破性掘起。

所以,对付大普遍科研人员而言,正在自身感趣味的范畴中施行深耕,取得远大性攻破,并矜重验证相干了局,大概是理智的挑选(「科研,有时便是水磨的,急没有来」——想起我导师的口头禅)。

这时,须要专家留神,想要宣布 CNS,验证规划的矜重性是十分主要的。不然,再成心义的发明,也没法经得起审稿人的置疑。

经过 scRNA-seq 取得高通量的单细胞转录组数据后,运用原位构造学验证是今朝盛行的争论政策,也是对于单细胞测序了局挑选出的有价值分子的空间散布定位追溯和了局可靠性的验证。

不过通例的原位构造验证拥有良多弊端——因为这个中的良多原位待检测分子属于新发明的靶点,空洞无效的免疫组化抗体;也生存一些比如 GPCR、离子通道这类没法制备免疫组化抗体的靶点;而对付渗出型细胞因子因为其分解后被第临时间翦灭到细胞外,故没法经过免疫组化办法定位渗出细胞;席卷长链非编码 RNA 正在内的一些靶点则弗成能利用免疫组化的原位检测方式施行靶点追踪。

而RNAscope 本领以其高度敏锐性以及尤其性、单分子可视化、多通道靶点同时检测等特有的劣势,一经精深利用于原位验证单细胞转录组学的了局。(上海欧易也许供给 RNAscope 全链条办事)

RNAscope 本领是由 Bio-Techne 旗下 Advanced Cell Diagnostics (ACD) 公司研发的 RNA 原位杂交产物,正在连年来的生物检测范畴繁华仓卒。

与传统的 RNA 原位杂交比拟,RNAscope 本领属于新一代 RNA 原位杂交本领,其尤其性的双 Z 探针妄图避免了传统长链 RNA 探针的缺点,配以自身级联夸大检测原理,也许高效敏锐地检测到目的 RNA。

欧易生物于 2018 年创制单细胞事业部,今朝一经帮助客户宣布单细胞文章 19 篇。欧易生物现已引进 RNAscope 本领全套设施以及试剂,搭建齐全的办事编制。欧易生物努力帮助诸君科研处事者登顶学术顶峰。

欧易生物单细胞测序办事

欧易生物是海内小量具备 10x Genomics 以及 BD Rhapsody 单细胞测序双平台的机构之一,正在医学以及农林方向供给专科的单细胞建库测序及分解办事,席卷 5' 端以及 3' 端基因表达分解、免疫组库分解(TCR/BCR)、 ATAC 分解以及皮相蛋白分解等。

欧易生物单细胞平台拥有丰硕的项目处置体味,每年乐成处置单细胞样本数千例;专科的售后团队,数十位生信各人以及研发工程师为您的项目保驾护航;资深的本领支柱人员,优化问题妄图,解读数据,让客户感化有「温度的」周全办事。

图文起因:欧易生物

题图起因:站酷海洛

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